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RDKit入门教程(1)——RDKit 安装 (Win10)

发布时间:2023/12/31 编程问答 69 豆豆
生活随笔 收集整理的这篇文章主要介绍了 RDKit入门教程(1)——RDKit 安装 (Win10) 小编觉得挺不错的,现在分享给大家,帮大家做个参考.

RDKit简介

RDKit官网:https://www.rdkit.org/
RDKit是干啥的:https://www.rdkit.org/docs/Overview.html#what-is-it
言简意赅的翻译一下:

  • RDKit是一个化学信息学的开源工具包
  • 主要用于操作化学分子(SMILES和SMARTS)
  • 可生成适合机器学习的化学分子特征
  • 拥有Python 3.x API和C++ API
  • Win10下RDKit安装使用(Python API)

  • 下载Anaconda 3.x版本的Python:
    https://repo.anaconda.com/archive/Anaconda3-2019.07-Windows-x86_64.exe
  • 安装完成后打开Anaconda Prompt: 并在命令行输入以下命令:
    conda create -c rdkit -n my-rdkit-env rdkit
  • 等上述命令完成后,接着激活rdkit的使用环境,进入rdkit模式
    conda activate my-rdkit-env
  • 如果在rdkit环境中需要使用常见模块,请另行使用pip install xxx安装,如:
    pip install numpy
  • 关闭命令行(Anaconda Prompt)窗口。
  • 利用Spyder打开rdkit的文本编辑环境,安装好my-rdkit-env之后,在菜单栏的Anaconda3 (64-bit)文件夹下,应该会出现Spyder (my-rdkit-env)图标,点击即进入有rdkit环境的Spyder,否则会进入base状态的Spyder。
  • 如图所示:

    参考资料:https://www.rdkit.org/docs/Install.html

    总结

    以上是生活随笔为你收集整理的RDKit入门教程(1)——RDKit 安装 (Win10)的全部内容,希望文章能够帮你解决所遇到的问题。

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