rdkit 计算环、芳香环数

参考：https://zhuanlan.zhihu.com/p/87350161

芳香性定义参考： 休克尔规则 ：4n+2 https://baike.baidu.com/item/%E4%BC%91%E5%85%8B%E5%B0%94%E8%A7%84%E5%88%99/7496254?fr=aladdin

计算环的数量，所有类型的环都会统计

m=Chem.MolFromSmiles("*Nc1nccnc1") ri = m.GetRingInfo() print(ri.NumRings())

芳香环的数量

def Calc_AROM(mh):m = Chem.RemoveHs(mh)ring_info = m.GetRingInfo()atoms_in_rings = ring_info.AtomRings()num_aromatic_ring = 0for ring in atoms_in_rings:aromatic_atom_in_ring = 0for atom_id in ring:atom = m.GetAtomWithIdx(atom_id)if atom.GetIsAromatic():aromatic_atom_in_ring += 1if aromatic_atom_in_ring == len(ring):num_aromatic_ring += 1return num_aromatic_ringCalc_AROM(m)

总结

以上是生活随笔为你收集整理的rdkit 计算环、芳香环数的全部内容，希望文章能够帮你解决所遇到的问题。

如果觉得生活随笔网站内容还不错，欢迎将生活随笔推荐给好友。