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【Pytorch】AWSnet论文解读与实验复现

发布时间:2024/3/12 编程问答 57 豆豆
生活随笔 收集整理的这篇文章主要介绍了 【Pytorch】AWSnet论文解读与实验复现 小编觉得挺不错的,现在分享给大家,帮大家做个参考.

论文算法概括

文献题目:《AWSnet: An auto-weighted supervision attention network for myocardial scar and edema segmentation in multi-sequence cardiac magnetic resonance images》
开源项目链接:https://github.com/soleilssss/AWSnet/tree/master

Abstract

该文章的目的是从多序列(Multi-sequence)CMR图像中分割心肌瘢痕和水肿,采用自动权重监督框架(auto-weighted supervision framework,ASF)。并使用强化学习实现不同监督层间的交互。此外,作者利用形状先验知识对小心肌病理区域进行ROI分割,并进一步采用两个分割粒度不同的模型进行操作。粗粒度分割模型分别将左心室心肌结构识别为形状优先,而细粒度分割模型将像素级注意力机制与ASF模型相结合,从数据中学习和提取显著的病理特征。采用多序列CMR(MyoPS 2020)的心肌病理学分割公开数据集进行测试实验。

前序储备知识

bSSFP CMR

  • 在磁共振序列中,当纵向磁化矢量横向磁化矢量均达到稳态,这种情况我们称之为稳态自由进动(Steady State Free Precession, SSFP);
  • 当设置合理的TR、TE及翻转角,使得多个射频脉冲产生的各种回波(FID、SE及STE)都刚好融合成一个回波,达到一个平衡状态,这种梯度回波序列称为平衡式稳态自由进动序列(balance SSFP, bSSFP)。
  • 算法模块

    CASN(Cascaded Anatomical Segmentation Network)(级联解剖分割网络)

    该级联分割网络用于勾画左心室外膜的轮廓,包括两个不同粒度的网络,其中第一个粗粒度分割网络感知的区域大致地包含了左心室区域,在此基础上裁剪出感兴趣区域(ROI),第二个细粒度网络将更精准地分割出左心室区域。

    ASAN(Auto-weighted Supervision Attention Network)

    • ASAN1
      Early fusion to identify three categories-background, scar and ring-shaped myocardium(环状心肌).
    • ASAN2
      Extract myocardial pathology(including scar and edema) from ring-shaped myocardium and background.

    DAS(Deep Auto-weighted Supervision)

    对于训练数据规模有限的小器官图像分割问题,梯度消失(爆炸)问题会很大程度上影响训练过程。Deep supervision(深监督)通过在神经网络中间隐藏层中加入辅助分类器,作为分支的辅助分类器用于判断隐藏层特征图的质量,进而起到对主干网络的监督作用,以此优化训练的过程。
    深监督的表现主要取决于监督损失平衡权重的分布,在不同任务和场景下具有较大差异。 考虑到这一点,作者提出使用强化学习(RL) 框架以动态优化监督损失的平衡权重。

    PAM(Pixel-wise Attention Module)

    复现实验流程

    搭建实验环境

    本实验基于anaconda,根据开源项目的提示安装实验所需的依赖。

    训练网络

    模型检验

    总结

    以上是生活随笔为你收集整理的【Pytorch】AWSnet论文解读与实验复现的全部内容,希望文章能够帮你解决所遇到的问题。

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