基因表达热图聚类并增加行列注释

聚个类，可能模式更清晰一些。聚类参数有很多，如下图：按行聚类、按列聚类、行列聚类，聚类方法是什么，距离矩阵算法选哪个，我们提供了21种聚类算法，有通用的，有特异用于菌群数据的。

在我们打开聚类之前，这些参数都是禁用状态。这是一个特有设计。在ImageGP中很多依赖性参数都是这么设置的，主要用途就是避免选错、减少选择的慌乱性。参数很多，如果不可选，说明你用不上，也就忽略就好。

我们选择层级聚类Hierachical cluster行列聚类Column & Row，其它都默认。（选择聚类后，参数不再是灰色蒙版，而是可调了）

提交后获得结果

换一种距离计算算法，默认是Pearson，换成Spearman，换成欧式距离。

提交后获得结果（会对聚类模式有一些影响）

设置不同的距离矩阵和聚类方式可以尝试获得不同的聚类图。聚类热图怎么按自己的意愿调整分支的顺序？也可以帮你更精确控制聚类顺序（在不改变聚类层级结构的基础上）

增加列注释(也可同时或单独增加行注释)

数据格式和内容如下。

ID conditions individual sizeFactor SV1 SV2 SV3 untrt_N61311 untrt N61311 1.021132476 -0.101 -0.494 -0.316 untrt_N052611 untrt N052611 1.180398615 0.018 -0.170 0.588 untrt_N080611 untrt N080611 1.179608275 -0.429 0.376 -0.089 untrt_N061011 untrt N061011 0.923264178 0.535 0.241 -0.176 trt_N61311 trt N61311 0.893927524 -0.125 -0.496 -0.366 trt_N052611 trt N052611 0.670922884 0.036 -0.151 0.591 trt_N080611 trt N080611 1.396766501 -0.467 0.441 -0.070 trt_N061011 trt N061011 0.946230699 0.533 0.253 -0.162

既然是列注释，那么这个文件就得根表达矩阵的列名字有关系，不然怎么匹配起来呢？

先看一个错误的例子，我们把这个数据粘贴到行注释处 Paste row annotation matrix，看看有什么问题？

给我们弹出了一个提示错误：Paste main heatmap data to text area的第一列不等于Paste row annotation matrix (first column must match first column of data matrix)的第一列。是说数据不匹配。如果您以后也遇到同样问题，就要好好看下是不是粘贴错位置了。

没问题了，点击提交去看看结果

结果出来了，列注释加上了。不过图例没显示全，目前的策略只能是加大图片高度或下载PDF格式用Adobe Illustrator等软件修改。后续我们修复下，看是否可以多列显示图例。

测试数据获取：https://gitee.com/ct5869/bic

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总结

以上是生活随笔为你收集整理的基因表达热图聚类并增加行列注释的全部内容，希望文章能够帮你解决所遇到的问题。

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