多个基因集富集结果泡泡图绘制展示

多个基因集富集结果展示

通常我们会同时对多个基因集分别进行富集分析，结果放在一起展示。这时我们需要在富集结果后面加一列，标记该结果是哪个基因集的富集，在Excel中可以很方便地操作。如下面动图所示，分组的名字自己根据实际取名即可。

有了这个多组基因富集后整合起来的数据，就可以用BIC绘图了。数据粘贴就不展示了，直接看参数选择。

与单组富集结果相比，最大的改动就在：

• 新增的Group列而非 log_odds_ratio列作为横轴(X-axis)信息

提交后获得结果。图中每个点代表一个富集的条目，在Y轴有对应标记。每一列是一组基因的富集结果。三组共有的富集在最上面，2组共有的富集在中间，每组特有的富集在底部。每个点的大小代表用于分析的基因集中匹配到该通路的基因数目，颜色代表富集程度。

如果希望在显示多组时，依然保留log_odds_ratio的信息，也可以。这里换一套数据更好展示(因为Group2、Group3是模拟数据，直接从Group1中抽取出来的，所以绘制出来会存在重叠)

GOID Ontology Term Level q m t k log_odds_ratio p Group GO:0006730 biological_process one-carbon metabolic process 4 340 57 45240 13378 1.012309306 0.001481151 Group1 GO:0007154 biological_process cell communication 2 2169 6843 45240 13378 0.100137585 0.007326261 Group1 GO:0007165 biological_process signal transduction 5 1955 6136 45240 13378 0.107606604 0.006325629 Group1 GO:0023052 biological_process signaling 1 2100 6613 45240 13378 0.102820905 0.006590727 Group1 GO:0044700 biological_process single organism signaling 2 2100 6613 45240 13378 0.102820905 0.006590727 Group1 GO:0050896 biological_process response to stimulus 1 3251 10438 45240 13378 0.074846633 0.012472089 Group1 GO:0006730 biological_process one-carbon metabolic process 4 340 57 45240 13378 1.212309306 0.001481151 Group2 GO:0007154 biological_process cell communication 2 2169 6843 45240 13378 0.200137585 0.007326261 Group2 GO:0007165 biological_process signal transduction 5 1955 6136 45240 13378 0.207606604 0.006325629 Group2 GO:0023052 biological_process signaling 1 2100 6613 45240 13378 0.302820905 0.006590727 Group2 GO:0007165 biological_process signal transduction 5 1955 6136 45240 13378 0.307606604 0.006325629 Group3 GO:0023052 biological_process signaling 1 2100 6613 45240 13378 0.202820905 0.006590727 Group3

• log_odds_ratio列依然作为横轴(X-axis)信息

• 新增的Group列作为Shape variable，用不同的形状表示不同的组

• Shape variable order是可选项，调节组的顺序，默认不填写或按需设置都可

• 修改下颜色，用colorPicker设置，前面工具有介绍

提交后获得结果。图中每个点代表一个富集的条目，在Y轴有对应标记。这些条目按其log_odds_ratio的值排序后展示，log_odds_ratio高的条目在Y轴上方展示；每个点的大小代表用于分析的基因集中匹配到该通路的基因数目，颜色代表富集程度。点的形状则代表其所属的组信息。

但是这个图出现了一个问题，图例显示不全。最简单的解决办法就是把图的宽度和高度调大。

结果就正常了，可以下载PDF版、PPT版（如果选了参数）和对应的R代码

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总结

以上是生活随笔为你收集整理的多个基因集富集结果泡泡图绘制展示的全部内容，希望文章能够帮你解决所遇到的问题。

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