matlab计算每个细胞面积,手把手教你用 Imaris 计算细胞面积

老话重提，统计图，和科研领域里的大多数图像数据伴生，是一种大家喜闻乐见的，直观表现数据结果的形式。

只要是个图如果没有伴随统计，reviewers 总会叨叨「请给出统计结果」。加上统计数据的文章看起来的确更具说服力呢！

之前我们推出的第一个教程《手把手教你用软件便捷地数细胞》，既教你认识这个软件 Imaris，又教你怎么数密密麻麻的细胞，区分不同的 marker 阳性的细胞以及计数它们。

那么问题来了，如果有人并不关心细胞数量，而关心细胞的面积，那该如何是好呢？

一般在研究细胞生长时候非常实用，如评估同等量细胞的生长速度，通过比较体外培养细胞的汇合率来得到初步结论；或研究不同类型细胞的表面积，给细胞分型。

举个栗子(为了保护自己的数据隐私，我只是随便拿个废弃的不咋好看的图来演示如何使用软件)

1.打开软件 Imaris，打开图片，在工具栏点击「surface」按钮(红色箭头所示)，即可出现如蓝框所示的 Surface 1。

2.让大家看一眼原始的图片，并明确下此行目的：将当前界面红色阳性的区域的表面积计算出来(你也可以计算明场细胞的面积，细胞核的面积 等等)。

3.点击左下方「Next」朝右的箭头(红色箭头所示)，此处先不要点击橘黄色箭头所示的方框，自动完成的 surface 可能不那么准确，但是如果你只是大略看看面积，建议使用 automatic creation，一步到位。

4.之后界面变成 2 / 4 Algorithm，此时可以调节的界面有 Smooth.

5.接着点击「Next」的蓝色箭头，系统开始创建 surface，界面转换为下面的样子。之前红色信号阳性的区域被灰色的实心区域覆盖。

通过调节红色方框 highlight 的浅黄色矩形的面积可以让 surface 被创建的更密集 or 稀疏(调大黄色区域，更密集；反之更稀疏)。

6.当发现自动调节的阈值覆盖了更多的区域——如靠上面的面积非常小的红色信号区域也被灰色的 surface 覆盖了，但是这些显然并不是细胞，那么我们就往右拖动浅黄色区域，得到如下的图。

7.点击「Next」，得到如下被加工好的图。系统将灰色变成了白色，通过视觉变化决定是否对图进行调整，此时可以回到 4 个进程的任何一步再进行修缮，确定没有修改之处后再进行下一步来最终确认所有的操作。

8.点击「完成」按钮(红色箭头所示)，此时开弓没有回头箭了，且我们也将要得到我们想要的分析结果。

9.完成(此时建立的 surface 变成通道颜色-红色。并且与之前的信号叠加起来。可以点击勾掉通道荧光，只留下 surface，观察一下是否合意)。

10.如下是仅有 surface 的界面(和原始图片比较一下，更好看了呢)。

11.在(红色矩形标记的)数据曲线处的 detailed 栏目里可以找到图中所有(specific values)的 surface 的面积(Area)数据。

12.将这些数据复制或者输出(点击下方的保存按钮)到 excel 里。进行统计分析。针对体外培养的细胞，有时会有一些杂质，此时可以在 excel 里将不是细胞大小的全部去掉即得到了所有 surface 的面积信息。

当然关于 surface 的荧光强度、位置等信息也可以一并在 Imaris 软件中的 Detailed 栏目的下拉框中选择并保存获取。

13.如果是体外培养细胞分析汇合率，则从拍摄软件中可以获取整个图片区域的面积(或者从 Imaris 里获取，如下图，获得 X-Y 轴的最大量程计算表面积)，并用总的细胞面积除以区域总面积获得汇合率。

今天的分享结束啦，敬请期待后续的系列教程哦～

图片来源：作者提供

总结

以上是生活随笔为你收集整理的matlab计算每个细胞面积,手把手教你用 Imaris 计算细胞面积的全部内容，希望文章能够帮你解决所遇到的问题。

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