cytoscape要求的JAVA版本_微生物研究必备：Cytoscape绘制网络图（一）

原标题：微生物研究必备：Cytoscape绘制网络图(一)

Cytoscape

是一个专用于互作网络数据可视化的软件。在微生物研究领域，通过对不同样本间的物种丰度信息进行相关性分析，可以获得物种在环境样本中的共存在关系，得到物种在同一环境下的相互作用的情况，进一步解释样本间表型差异的形成机制。

实例来一波~

⏩在一些影响因子较高的文章中，经常可以见到Cytoscape绘制的高颜值网络图。

1、如我们去年发表的强直性脊柱炎的肠道微生物标记物研究文章，对强直性脊柱炎患者组(蓝色圆圈)和健康组(红色圆圈)中鉴定出12个MGSs进行网络相关性分析。结果显示，在强直性脊柱炎患者组的MGSs与健康组的MGSs之间呈负相关关系(红线)，组内富集细菌之间呈正相关关系(蓝线)：

2、今年发表的白塞病患者肠道微生物的宏基因组研究文章，对健康组和白塞病患者组富集的微生物进行SparCC网络相关性分析。结果显示在白塞病患者组中富集的微生物与健康组中富集的微生物之间呈负相关关系(虚线)，组内富集细菌之间呈正相关关系(实线)：

⏩Cytoscape软件无需编程基础，可免费使用。在绘制网络图之前，需要先进行安装。在Windows系统安装该软件过程如下：

一、检查系统32位还是64位

在32位和64位系统中，需要下载不同的Cytoscape软件。因此，我们需要先检查电脑安装的是哪种系统。其中，Win7系统可以通过以下几种方式，查看是32还是64位：

右键点击桌面上“我的计算机”-> 属性

开始 -> 右键点击计算机 -> 属性

开始 -> 控制面板 -> 查看方式“类别”-> 系统与安全 -> 系统

Win10系统可以通过以下几种方式，查看是32还是64位：

右键点击桌面上“此电脑”-> 属性

WIN键 + R -> 输入dxdiag -> 确定

在最终弹出的对话框中，“系统类型”或“操作系统”中可以看到自己的电脑安装的是32位还是64位的系统。

二、检查是否安装JAVA 8

Cytoscape软件需要在java虚拟机环境运行，最新版的Cytoscape软件，需要电脑先安装java 8。其中，Win7可以通过以下几种方式，查看已经安装的java版本：

WIN键 + R -> 输入cmd -> 确定

开始 -> 搜索程序和文件 -> 输入cmd -> Enter回车

Win10系统可以通过以下几种方式，查看已经安装的java版本：

WIN键 + R -> 输入 cmd -> 确定

右下角搜索框 -> 输入cmd -> Enter回车

在弹出的命令行中，输入“java - version”，如已经安装了java 8，则会显示“java version 1.8.0_xxx”，如下：

如果没有安装，或者安装版本不对，可以到“https://www.java.com/zh_CN/download/”网址中下载，再安装即可。

三、下载并安装Cytoscape

可以通过搜索引擎搜索“Cytoscape”，访问官网下载，或者直接到“http://www.cytoscape.org/download-platforms.html”下载。

下载后，双击该软件，一直点击“Next”，直到安装结束。安装完成后，打开Cytoscape即可开始绘制网络图。其中，Cytoscape 3.6.1版本界面如下：

安装好Cytoscape后，有哪些实用技巧呢？请看下回分享。

参考：

1.Quantitative metagenomics reveals unique gut microbiome biomarkers in ankylosing spondylitis

2.A Metagenomic Study of the Gut Microbiome in Behcet’s Disease

供稿：叶生鑫

责任编辑：

与50位技术专家面对面20年技术见证，附赠技术全景图

总结

以上是生活随笔为你收集整理的cytoscape要求的JAVA版本_微生物研究必备：Cytoscape绘制网络图（一）的全部内容，希望文章能够帮你解决所遇到的问题。

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