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最近有师妹苦恼于某药物作用相关科研课题设计，不知道疾病研究方向，不想清楚应该选择哪些基因进行研究。于是我向她推荐了这个数据库，分分钟解决了她的难题。

无论你是想根据基因，想找到相关疾病和药物，还是根据药物寻找相关疾病和基因，你都可以使用这个数据库，在生物信息分析方面，若筛选到预后基因，也可以通过这个网站拓展可能的有效药物，希望今天的介绍会对各位的科研之路上有所帮助。

数据库CTD ：http://ctdbase.org/

CTD数据库可用研究基于化学，基因，表型，疾病和环境之间的关联，可以促进人们对化学药物和人类健康的了解。CTD包括超过230万种化学药物，46689个基因，4340个表型和7212种疾病的基因，化学表型，药物相关疾病，基因相关疾病和药物相互作用，自上次更新以来，内容增加了46％，与其他数据集集成后，产生的药物基因组关联超过3800万。这些更新将会继续完善CTD数据库，并有助于为有关受环境影响的疾病的病因和机制提供新的验证假说。一

查询蛋白与哪些疾病有关

①我们以研究TP53基因为例：在右上角关键词检索栏里调整项目栏为gene，键入TP53，点击Search进行检索。②在结果列表中，我们可以单击基因名称旁边的蓝色小图标即可直接转到TP53的“疾病”选项中，也可以点击黄色“TP53”基因名，再单击TP53基因页面的Diseases选项。③“疾病”选项中列出了与TP53相关的疾病，基因与疾病的关系以及相关的参考文献，在网页左下角可以选择数据下载方式。二

药物与哪些疾病有关

❶ 我们以二甲双胍为例，在检索栏中选择“chemicals”，输入二甲双胍metformin，点击Search进行检索。

❷ 在结果列表中，我们可以单击化学名称旁边的蓝色疾病图标可直接转到该化学物质的“疾病”选项，或者从结果列表中单击化学名称“metformin”也可进入“疾病”选项。三

药物与哪些基因有关

①与之前的方法相同，输入需要检索的药物名称，在结果列表单击药物名称旁边的X形基因图标可直接转到该化学的“基因”选项，或从结果列表中单击药物名称进入“基因”选项。②“基因”选项列出了所检索药物的所有相互作用基因。我们可以通过单击标题对列进行排序。要查看化学-基因或化学-蛋白质相互作用，生物途径等我们可以点击“Interactions”选项或基因旁边的相互作用链接。四

药物是如何影响该基因？

在下拉“Search”菜单下，选择Chemical–Gene Interaction进行查询。我们仍然以二甲双胍和TP53为例。从“chemical”搜索框旁边的下拉菜单中选择“equals”。键入“metformin”。从化学基因相互作用类型字段的下拉菜单中选择“any”。从“gene”字段的下拉菜单中选择“equals”。在“gene”搜索框中键入TP53,最后单击搜索按钮即可获得相关研究结果。五

哪些化学物质与某癌症有关

❶ 我们回到检索页面，对肺癌进行疾病关键字搜索。我们以胃癌为例，选择“Disease”,键入“gastric cancer”点击检索。❷ 在结果列表中，我们可以单击疾病名称旁边的黄色锥形瓶样化学图标可直接转到该疾病的“化学物质”选项，或从结果列表中选择单击“胃癌”链接进入“化学物质”页面。

❸ 结果列表包含化学名称，疾病，化学与疾病的关系以及与疾病相关参考文献的链接。默认情况下，结果按化学名称的字母顺序显示。粗体标明了疾病与治疗或标志物/分子机制的关系。推断的结果是通过预定的化学-基因相互作用建立的(例如，化学药物A与疾病B相关是因为化学A与基因C具有一定的相互作用，而基因C与疾病B具有一定的关系)，单击列标题可以对结果进行排序。

六

重金属会影响哪些转录因子？

在下拉“Search”菜单下，选择“gene”查询。① 从“chemical”搜索框旁边的下拉菜单中选择“contains”。键入重金属的化学搜索框。

② 从Chemical-gene interaction字段的下拉菜单中选择任何。

③ 从“Gene Ontology”搜索框旁边的下拉菜单中选择“contains”。在“Gene Ontology”搜索框中键入转录因子活性。

④ 单击Search按钮。

结果列表显示了转录因子，其活性受重金属影响。化学图标()直接链接到基因的化学数据。疾病图标()直接链接到基因的疾病数据。七

快速查询药物与基因互作参考文献

在下拉Search菜单下，选择References查询。①从“Chemical”搜索框旁边的下拉菜单中选择“equals”。键入Zinc到化学物质搜索框。

②从化学基因相互作用类型字段的下拉菜单中选择any。

③从“Gene”字段的下拉菜单中选择“equals”。在“gene”搜索框中键入P53。

④单击搜索按钮。

选定的搜索词在“参考查询结果”页面上突出显示。

八

与研究药物相互作用基因的GO分析

使用批处理查询工具执行此高级查询，并导出大量数据以进行进一步分析。

在“Search”下拉菜单下，选择“Batch Query”工具。

❶ 选择化学品作为输入类型。

❷ 检索框中输入TCDD和双酚A。

①在查询表单的结果部分中选择基因本体关联。

② 选择所有GO关联或仅选择enriched(推荐)。

③选择至少一个本体。

④选择首选的结果格式。

⑤点击提交。

结果页面包括输入数据(TCDD或双酚A)，化学名称，化学ID和Cas RN，基因符号，基因ID，本体，Go术语和Go ID的值。与输入数据完全匹配的所有化学品将显示在结果中。

如果想要进一步分析结果，请将结果另存为文本文件(txt)，然后将其导入Excel。

通过以上操作获得的疾病、药物、基因，将数据下载下来，导入到Cytoscape软件当中，即可获得像这样的网络图：

总之，CTD数据库能够充分联合药物、基因与疾病之间的内在关系，网站菜单式操作简单易学，包含的数据库十分庞大。该数据库两年更新一次，一直有后台维护，不用担心数据老旧，网站停用等现象。CTD可研究的疾病包含肿瘤、常见病甚至包含罕见病数据，样本也不止限于组织血液，也包含多种细胞系外泌体等等。可以算是十分良心的数据库了，绝对是科学研究首选网站，建议大家快快收藏！END征 稿 启 事

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总结

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