PacBio相对于二代测序还有哪些劣势？

软件不够好，很吃内存

PacBio的单分子三代测序，该测序仪最大的特点就是测序长度比454更长，更加有利于基因组的拼接工作，有些较小的微生物可以直接将基因组测通成环状。相对于二代测序，突破性的三代测序有如下优势：1）单分子实时检测，每条碱基链的数据都得到评估，更易发现稀有变异2）最低DNA样品量仅500ng，无需PCR扩增，测序覆盖深度不受序列中 GC含量差异影响。可以对 100%A+T区域测序3）除碱基序列信息外，可同时获得动力学信息，因此可对诸如 DNA甲基化之类的碱基变化情况直接进行分析4）无与伦比的长序列读长5）测序速度快，聚合酶反应速度（平均） 1 base/sec，从样本制备到出结果，需时 1天6）灵活性极强，有一系列数据管理和分析软件使二代三代测序流程实现无缝整合7）测序流程简单

1.成本高，PacBio的试剂成本和测序成本比二代测序高了好几倍；2. 通量低，一个cell好像只有几百M，一个run能跑8个cell，比二代还是低了不少；3. 错误率高，不过现在试剂升级了，准确性提高不少，而且错误率这个问题多跑一些cycles也能解决。

一个SMRT就产生380m，通量偏低

总结

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